|
" توسعه و بهینه سازی روش ریل تایم پی سی آر برای ردیابی ویروس ToBRFV در بذر گوجه فرنگی "
| شماره شناسایی
|
:
|
18883545
|
| شماره مدرک
|
:
|
۶۵۰۵۰
|
| نام عام مواد
|
:
|
[گزارش علمی- فنی]
|
| شناسه افزوده
|
:
|
پوررحیم، رضا
|
|
|
:
|
کشاورز، طیبه
|
|
|
:
|
فرزادفر، شیرین
|
| عنوان اصلي
|
:
|
توسعه و بهینه سازی روش ریل تایم پی سی آر برای ردیابی ویروس ToBRFV در بذر گوجه فرنگی
|
| عنوان اصلي به زبان ديگر
|
:
|
:Development and optimization of real time RT-PCR assays for detection of ToBRFV in tomato seeds
|
| صفحه شمار
|
:
|
۲۹ ص:جدول، نمودار
|
| وضعیت انتشار
|
:
|
تهران: موسسه تحقيقات گياهپزشکی كشور، ، ۱۴۰۲
|
| فروست
|
:
|
شماره ثبت ۶۵۰۵۰ مورخ ۱۴۰۲/۱۲/۱۶
|
| خلاصه یا چکیده
|
:
|
ویروس چروکیدگی قهوهای میوه گوجهفرنگی )ToBRFV-virus fruit rugose brown Tomato )از جمله ویروسهای نوظهور و مهم اقتصادی میباشد که در گوجهفرنگی و فلفل ایجاد بیماری و خسارت قابل توجه مینماید. این ویروس براحتی به روش مکانیکی و نیز از طریق بذر و نشا آلوده قابل انتقال میباشد و از اینرو توانسته است در طول چند سال از زمان شناسایی اولیه آن، تقریبا در اکثر نقاط دنیا انتشار یابد. با توجه به اینکه هنوز ارقام تجاری گوجهفرنگی و فلفل مقاوم در برابر این ویروس در سطح مطلوب عرضه نشده است، رعایت اصول قرنطینه و بهداشت گیاهی از جمله استفاده از بذور سالم مهمترین راه برای مدیریت این بیماری محسوب میگردد. در تهیه و تولید بذر سالم، ضرورت دارد تا سالمت حجم زیادی از نمونهها در مراحل مختلف تولید و توزیع بذر مورد سنجش قرار گیرد. در این تحقیق، روش PCR-RT time real برای ردیابی ToBRFV در بذر مورد بررسی و بهینهسازی قرار گرفت. بر اساس مواد و کیتها و نیز دستگاه مورد استفاده، نقطه برش Ct( off cut Ct )برابر با 35 تعیین گردید. با استفاده از بذور گوجهفرنگی دارای آلودگی طبیعی و مصنوعی به ToBRFV، پنج حجم نمونهکاری )شامل ،100 ،200 ،300 400 و 500 بذر که هر یک حاوی یک بذر آلوده بودند( در 10 تکرار تهیه گردید و حساسیت روش PCR-RT time real در ردیابی ویروس مورد بررسی قرار گرفت. بهترین نتایج )%100 ردیابی در همه تکرارها( در حجم نمونهکاری 100 و 200 بذر کسب شد که از نظر اقتصادی حجم 200 بذری مقرون به صرفهتر است. همچنین در بررسی علفهای هرز میزبان طبیعی این ویروس، دو گیاه بارهنگ )major Plantago )و پنیرک )neglecta Malva )برای اولین بار بعنوان میزبان طبیعی این ویروس در دنیا شناسایی و گزارش میشوند. با توجه به روش بهینهسازی شده در این تحقیق که متکی به کیتها و مواد مصرفی قابل دسترس در داخل کشور میباشد، امکان استفاده از این روش در ردیابی ToBRFV در حجم باالی نمونههای بذر فراهم گردیده است. این روش با موفقیت در سنجش سالمت حدود نیم میلیون نمونه بذر از بذور وارداتی گوجهفرنگی در هشت ماهه اول سال 1402 مورد استفاده قرار گرفت. کلمات کلیدی: تشخیص سریع، بذرزاد، توباموویروس.
|
|
|
:
|
Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) is an emerging virus causing important diseases in tomatoes and peppers with high economic losses. ToBRFV is a seed-borne pathogen with highefficiency mechanical transmission, and it has been widely distributed during a few years since its first identification. Suitable ToBRFV-resistant cultivars have not yet been commercially introduced to the market, so, disease management is mainly on quarantine and phytosanitary measures, particularly virus-free seed cultivation. It is a main necessity for testing a large number of seed samples in healthy seed production and trade programs. In this research, a real-time RTPCR approach has been optimized and evaluated for ToBRFV detection in seeds. Based on theresults using the described materials, kits, and real-time PCR machine, a Ct cut-off value of 35 hasbeen determined. Working samples including 100, 200, 300, 400, and 500 seeds in ten replicates (each of them with one ToBRFV-infected seed) have been prepared using naturally and artificially ToBRFV-infected tomato seeds. The samples have been tested using our optimized real-time RTPCR assay to evaluate their sensitivity. Reproducible and accurate results (ToBRFV detection in all ten replications) have been recorded for working samples 100 and 200 seeds, which the latter is economically more profitable. Also, Malva neglecta and Plantago major have been identified as two natural weed hosts of ToBRFV for the first time in the world in this study. Country-made kits and chemicals have been used in optimizing the real-time RT-PCR assay and large volumes of seed samples can be tested. A total of half a million seed samples of the imported tomato seeds were tested successfully using the optimized real-time RT-PCR assay from May to October 2023. Keywords: Rapid diagnosis, Seed-borne, Tobamovirus.
|
| |