|
" بررسي ديناميک جهش هاي سارس کروناويروس -2 پس از پاساژهاي متوالي درکشت سلول "
محمدي، اشرف
| شماره شناسایی
|
:
|
18883582
|
| شماره مدرک
|
:
|
۶۶۹۷۵
|
| نام عام مواد
|
:
|
[گزارش نهایی -عادی]
|
| شناسه افزوده
|
:
|
محمدي، اشرف
|
|
|
:
|
لطفي، محسن
|
|
|
:
|
اثني عشري، فاطمه
|
|
|
:
|
عليرضائي، بهنام
|
| عنوان اصلي
|
:
|
بررسي ديناميک جهش هاي سارس کروناويروس -2 پس از پاساژهاي متوالي درکشت سلول
|
| نام نخستين پديدآور
|
:
|
محمدي، اشرف
|
| عنوان اصلي به زبان ديگر
|
:
|
Mutational dynamics of the Sars Corona virus-2 after consequent passages in cell culture .
|
| وضعیت انتشار
|
:
|
کرج: موسسه تحقيقات واکسن وسرم سازي رازي، ۱۴۰۳
|
| فروست
|
:
|
شماره ثبت ۶۶۹۷۵ مورخ ۱۴۰۳/۱۲/۲۰۶۶۹۷۵
|
|
|
:
|
شماره طرح : 2-18-18-058-000978
|
|
|
:
|
سامانه سمپات
|
| توصیفگر
|
:
|
SARS COV-2
|
|
|
:
|
– جهش
|
|
|
:
|
اسپایک
|
|
|
:
|
CCID50
|
| خلاصه یا چکیده
|
:
|
چکیده
ویروس سارس دو عامل بیماری کووید19 در اواخر سال 2019 در چین گزارش شد و به سرعت اکثر نقاط دنیا گسترش پیدا کرد. سازمان بهداشت جهانی در 11 مارس2020 این بیماری را به صورت یک پاندمی اعلام کرد. با افزایش گردش این ویروس در جهان موتاسیون های مختلفی پدیدارو باعث ایجاد واریانت های مختلف ژنتیکی شده است . شواهد اخیر نشان می دهد که برخی از این جهش ها در ژنوم ویروس موجب عدم تشخیص ازمایشگاهی ،افزایش عفونت زایی ویروس و همچنین تاثیر احتمالی منفی بر عملکرد واکسن ها شده اند.تجزیه و تحلیل جهش هایی که در نواحی متغیر ژن اسپایک رخ میدهد ، به ما کمک می کند تا الگوهای تکاملی ویروس را بهتر درک کنیم .پاساژ ویروسی در رده های سلولی مختلف می تواند تقلید کننده پاتوژنز ویروس از حالت طبیعی بیماری، در فرایند سرایت بین گونه ای در طبیعت باشد
.
مواد و روش¬ها:
در این پژوهش به منظور درک بهتر این الگوهای تکاملی و تغییرات ژنومی ویروس به خصوص در ناحیه ناپایدار اسپایک با پاساژ ویروسی بر روی رده سلولی VERO E6 به بررسی دینامیک رشد ویروس پرداخته شده است. پس از اماده سازی سلول منولایر و تلقیح ویروس ، 24 ساعت پس از تلقیح CPEمورد بررسی قرار گرفت .همزمان مایع رویی به منظور استفاده در پاساژ بعدی استفاده شد .. تغییرات CPE در بازه های زمانی 24، 48 و72 ساعت ، تعیین عیار عفونی ویروس با دو روش CCID50 و RealTime RT PCR انجام شده است. کشت ویروسی تا 20 پاساژ متوالی انجام شد . همچنین به فاصله هر 5 پاساژ تعیین توالی ناحیه اسپایک به روش سنگر و توالی¬یابی نسل بعدی انجام شد و نتایج با توالی سویه ووهان مورد مقایسه قرار گرفت .
نتایج:
اثرات سایتوپاتیک 48 ساعت پس از تلقیح در زیر میکروسکوپ نوری معکوس قابل مشاهده بودند . در 48 ساعت اولیه پس از تلقیح، گردشدگی و تخریب سلول ها مشاهده شد. ارزیابی 72 ساعته تخریب بیشتر بستر سلولی را نشان داد. همچنین با افزایش پاساژ ویروس شاهد افزایش عیار ویروس بودیم . ارزیابی توالی ژنومی در پروتئین اسپایک پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی را نشان داد
|
|
|
:
|
Abstract
Sars virus, the cause of covid-19 disease, was reported in late 2019 in China and quickly spread to most parts of the world. The World Health Organization declared this disease as a pandemic on March 11, 2020. With the increase in the circulation of this virus in the world, various mutations have appeared and caused the creation of different genetic variants. Recent evidence shows that some of these mutations in the virus genome have caused the lack of laboratory diagnosis, an increase in the infectivity of the virus, as well as a possible negative impact on the performance of vaccines. The analysis of mutations that occur in the variable regions of the spike gene, to It helps us to better understand the evolutionary patterns of the virus. Viral passage in different cell lines can mimic the pathogenesis of the virus from the natural state of the disease, in the process of interspecies transmission in nature.
.
Materials and methods:
In this research, in order to better understand these evolutionary patterns and the genomic changes of the virus, especially in the unstable region of the spike, the growth dynamics of the virus has been investigated with viral passage on the VERO E6 cell line. After monolayer cell preparation and virus inoculation, CPE was examined 24 hours after inoculation. At the same time, the supernatant was used to be used in the next passage.. CPE changes in 24, 48, and 72 hours, determination of the infectious rate of the virus with Two methods, CCID50 and RealTime RT PCR, have been performed. Viral culture was done up to 20 consecutive passages. Also, at the interval of every 5 passages, the spike region was sequenced by the trench method and next generation sequencing, and the results were compared with the sequence of the Wuhan strain.
Results:
Cytopathic effects were visible 48 hours after inoculation under an inverted light microscope. In the first 48 hours after inoculation, cell proliferation and destruction were observed. A 72-hour evaluation showed further destruction of the cellular substrate. Also, with the increase in virus passage, we saw an increase in the level of the virus. Genomic sequence evaluation showed single nucleotide polymorphisms in spike protein.
|
| |