|
" بررسي ترانسکريپتومي و شبکه ژني بياني مرتبط با رسيدگي جنسي در ماهيان پرورشي قزل آلاي رنگين کمان با استفاده از فن آوري RNA-Seq "
نظري، سجاد
| شماره شناسایی
|
:
|
18884197
|
| شماره مدرک
|
:
|
۶۷۴۶۲
|
| نام عام مواد
|
:
|
[گزارش نهایی -عادی]
|
| شناسه افزوده
|
:
|
نظري، سجاد
|
|
|
:
|
گندمکار، حبيب الله
|
|
|
:
|
حسين زاده صحافي، همايون
|
|
|
:
|
صلاحي اردکاني، محمد ميثم
|
|
|
:
|
سپهداري، ابوالفضل
|
|
|
:
|
گلشن، مهدي
|
|
|
:
|
حافظيه، محمود
|
|
|
:
|
کاظمي، اسماعيل
|
|
|
:
|
قادري، مصطفي
|
|
|
:
|
مراديان، حسين
|
|
|
:
|
مرتضوي، سيد امين
|
|
|
:
|
نجارلشگري، سلطنت
|
|
|
:
|
اسلاملو، خليل
|
|
|
:
|
رياضي، شمسي
|
|
|
:
|
دوستي مطلق، علي اکبر
|
|
|
:
|
فلاحت ناصر آباد، عيسي
|
| عنوان اصلي
|
:
|
بررسي ترانسکريپتومي و شبکه ژني بياني مرتبط با رسيدگي جنسي در ماهيان پرورشي قزل آلاي رنگين کمان با استفاده از فن آوري RNA-Seq
|
| نام نخستين پديدآور
|
:
|
نظري، سجاد
|
| عنوان اصلي به زبان ديگر
|
:
|
Transcriptome analysis and gene expression network related to maturation trait in the rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) using RNA-seq technique
|
| وضعیت انتشار
|
:
|
تهران: موسسه تحقيقات علوم شيلاتي کشور، ۱۴۰۴
|
| فروست
|
:
|
شماره ثبت ۶۷۴۶۲ مورخ ۱۴۰۴/۰۳/۱۲۶۷۴۶۲
|
|
|
:
|
شماره طرح : 124-88-12-052-99049-991215
|
|
|
:
|
سامانه سمپات
|
| توصیفگر
|
:
|
ژنتيک صفات کمي
|
|
|
:
|
قزل¬آلای رنگین¬کمان
|
|
|
:
|
ترانسکریپتوم
|
|
|
:
|
توالی یابی نسل جدید
|
| شماره ثبت
|
:
|
۴۹۵۶
|
| خلاصه یا چکیده
|
:
|
زمينه مطالعاتي نقشه يابي ارتباطي اخيراً توجه زيادي را براي مطالعه ژنتيكي صفات كمي در بسياري از گونه های آبزیان مهم به خود جلب كرده است. دسترسي به فناوريهاي نسل جديد توالي يابي، حجم بالاي داده هاي فنوتيپي و تنوع زياد ابزارهاي آماري موجب شده است كه مطالعات نقشه يابي ارتباطي در آبزیان بتواند موفقيتهاي فراواني را در شناسايي مكانهاي ژني كنترل كننده صفات كمي به همراه داشته باشد. صفت بلوغ جنسی فرایند زیستی پیچیده ای است که توسط مجموعه ای از ژنهای مرتبط به هم کنترل می شوند و با عوامل محیطی برهم‌کنش دارند و یکی از صفات مهم اقتصادی در آزاد ماهیان و دیگر حیوانات به شمار می رود. مهمترین سازه‌های(Factors) محیطی که بر صفت بلوغ جنسی تاثیر می گذارند شامل کیفیت و کمیت غذا، تغییرات فصلی و رقابت درون گونه ای و نژاد می باشد . در فصل تکثیر نمونه های کبد و مغز مولدین نر و ماده بالغ دو نژاد اسپانیایی و ایرانی قزل آلای رنگین کمان جهت استخراج RNA در ازت مایع نگهداری (196-) و به آزمایشگاه منتقل شدند. استخراج RNA از نمونه ها با روش TRIzol (invitrogen) انجام و در ادامه کیفیت و کمیت RNA با روشهای ژل اگارز و اسپکتروفتومتری بررسی شدند. سپس کتابخانه cDNA ایجاد و توالی یابی از کل ترانسکریپتوم و آنالیزهای مولکولی و آماری از توالی های بدست آمده با استفاده از بسته های نرم افزاری Cufflinks 2.0 و Cuffmerge 1.2.1 ، SOAPdenovo 3.0 انجام گرفتند. این نرم افزارها میزان بیان کلیه ژنهای موجود در ترانسکریپتوم به همراه رونوشت های آنها را برآورد می نمایند. در نهایت، ژنهایی که بین دو گروه از نظر آماری تفاوت معنی داری در میزان بیان نشان داده اند با استفاده از نرم افزار CummeRbund 2.0 مصورسازی شد. نتایج نشان داد ژنهای متفاوت بیان شده ، امکان درج آنها بطور مجزا در اهداف اصلاح نژادی برای هر گروه مورد مطالعه وجود خواهد داشت. با توجه به اینکه فن آوری جدید RNA-Seq جهت محاسبه بیان ژنهاي مرتبط با صفت بلوغ جنسی در گروههای مختلف ماهی قزل آلاي رنگين کمان پرورشی در کشور تاکنون انجام نپذیرفته است، نتایج نشان داد که QTL هاي هم مکان برای صفات مورد مطالعه وجود دارد که وجود چنین حالتی می تواند باعث افزایش کارایی انتخاب به کمک نشانگر و پیشبرد برنامه¬هاي به نژادی در قزل آلای رنگین کمان گردد. نتایج پروژه حاضر در زمینه شناسایی ژنهای مرتبط با صفت بلوغ جنسی و همچنین سازو کارهای مولکولی کنترل کننده این صفت برای این گونه پرورشی بسیار ارزشمند خواهد بود.
|
|
|
:
|
Next-generation sequencing technologies have been applied most often to model organisms or species closely related to a model. However, these methods have the potential to be valuable in many wild organisms, including those of conservation and aquaculture concern. The field of association mapping studies has recently received major attention for genetic studies of quantitative traits in many important aquatic species. Access to next generation sequencing technologies, high phenotypic data and a variety of sophisticated statistical tools have enabled association mapping studies in aquatic species to be successful in identifying gene loci controlling quantitative traits. Due to the importance of association mapping method in mapping studies of the quantitative traits, the present project was prepared to explain the association mapping method and its use in rainbow trout breeding and also to perform a meta-analysis of these QTL to identify regions of the rainbow trout genome that are consistently associated with growth traits. Total RNA was isolated from liver and brain rainbow trout. Equal quantities of RNA from each type of tissues were pooled to construct two cDNA libraries (male and female). Using the Illumina paired-end sequencing technology, nearly 42.11 million clean reads in length of 100 bp were generated and then assembled into 101,596 contigs, of which 68,407 were named unigenes with an average length of 763 bp after the elimination of redundancies. This informative transcriptome provides valuable new data to increase genomic resources of rainbow trout. The future studies of corresponding gene functions will be very useful for the management of reproduction, growth and disease control in rainbow trout aquaculture breeding programs. The molecular markers identified in this database will aid in genetic linkage analyses, mapping of quantitative trait loci, and acceleration of marker assisted selection programs.
|
| |