| شماره شناسایی
|
:
|
18884211
|
| شماره مدرک
|
:
|
۶۷۴۷۳
|
| نام عام مواد
|
:
|
[گزارش نهایی -عادی]
|
| شناسه افزوده
|
:
|
نظري، سجاد
|
|
|
:
|
خوش خلق، مجيدرضا
|
|
|
:
|
راستيان نسب، ابوالحسن
|
|
|
:
|
ميربخش، مريم
|
|
|
:
|
ملک پورکلبادي نژاد، سلمان
|
|
|
:
|
جرفي، الهام
|
|
|
:
|
صلاحي اردکاني، محمد ميثم
|
|
|
:
|
کاظمي، اسماعيل
|
|
|
:
|
قادري زفره اي، مصطفي
|
|
|
:
|
قائدي، علي رضا
|
|
|
:
|
گلشن، مهدي
|
| عنوان اصلي
|
:
|
نقشه‌يابي لوکوس هاي صفت کمي (QTL) مرتبط با رشد در قزل آلاي رنگين کمان Oncorhynchus mykiss در برنامه انتخاب به کمک نشانگر (MAS)
|
| نام نخستين پديدآور
|
:
|
نظري، سجاد
|
| عنوان اصلي به زبان ديگر
|
:
|
QTL mapping for growth quantitative trait in the rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) in marker assisted selection program (MAS)
|
| وضعیت انتشار
|
:
|
تهران: موسسه تحقيقات علوم شيلاتي کشور، ۱۴۰۴
|
| فروست
|
:
|
شماره ثبت ۶۷۴۷۳ مورخ ۱۴۰۴/۰۳/۱۳۶۷۴۷۳
|
|
|
:
|
شماره طرح : 2-88-12-019-990681
|
|
|
:
|
سامانه سمپات
|
| توصیفگر
|
:
|
قزل آلای رنگین کمان
|
|
|
:
|
نشانگرهای مولکولی
|
|
|
:
|
صفات کمي
|
|
|
:
|
متا آنالیز QTL
|
| خلاصه یا چکیده
|
:
|
زمينه مطالعاتي نقشه يابي ارتباطي اخيراً توجه زيادي را براي مطالعه ژنتيكي صفات كمي در بسياري از گونه های آبزیان مهم به خود جلب كرده است. دسترسي به فناوريهاي نسل جديد توالي يابي، حجم بالاي داده هاي فنوتيپي و تنوع زياد ابزارهاي آماري موجب شده است كه مطالعات نقشه يابي ارتباطي در آبزیان بتواند موفقيتهاي فراواني را در شناسايي مكانهاي ژني كنترل كننده صفات كمي به همراه داشته باشد. با توجه به اهمیت این روش در مطالعات نقشه یابی صفات کمی، پروژه حاضر انجام شد که هدف از آن، توضیح روش نقشه یابی ارتباطی و استفاده از آن در به¬نژادی قزل آلای رنگین کمان و سپس انجام متاآلیز QTL (MQTL) برای شناسائی نواحی از ژنوم قزل آلای رنگین کمان که با صفت کمی رشد پیوستگی داشته باشند، بود. به منظور شناسايي جايگاه هاي صفات کمي داده های QTL از بیش از 1400 QTL ثبت شده در بانک پایگاههای اطلاعاتی برای ماهي قزل آلاي رنگين كمان مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. همچنین، برخی از اطلاعات مربوط به نرم افزارهای آماری مورد استفاده در نقشه یابی ارتباطی ارائه و پس از آن در مورد فرصت ها و چالش های نقشه یابی ارتباطی و مطالعات پسا نقشه یابی در سطح کل ژنوم مورد بحث قرار گرفت. برای نقشه های جایگاههای صفات کمی مرتبط با یک نشانگر، توالی نوکلئوتیدی نشانگر مولکولی از پایگاههای اطلاعاتی مربوطه استخراج شدند و علاوه بر این برای نقشه های جایگاههای صفات کمی مرتبط با دو نشانگر مجاور، توالی نوکلئوتیدی هر دو نشانگر مجاور یکدیگر بدست آمدند. مکان یابی هر QTL بر اساس نقشه ژنتیکی و بر اساس سطح اطمینان 95 درصد برای هر جایگاه صفت کمی مورد بررسی قرار گرفت. بعد از مکان یابی هر QTL نرم افزار Biomercator برای پیش بینی مکان و سطح اطمینان MQTL بر اساس روش حداکثر احتمال محاسبه شد. در مجموع 280 QTL برای صفت طول رشد روزانه (ADG)، 16 برای صفت وزن بدن (BW)، 9 مورد برای صفت ضریب چاقی (CF) و 7 QTL برای صفت طول چنگالی (FL) دسته بندی شده اند. در مجموع 27 QTL در چهار گروه پیوستگی برای صفات مورد مطالعه شناسایی شد که از 2 تا 8/۲3 درصد از تغییرات فنوتیپی (LOD) را توجیه می¬نمودند. بیشترین تعداد QTL شناسایی شده در گروه پیوستگی 13 قرار دارند. در این مطالعه برای صفت ارتفاع بدن QTL شناسایی نگردید. نتایج نشان داد که QTL هاي هم مکان برای صفات مورد مطالعه وجود دارد که وجود چنین حالتی می تواند باعث افزایش کارایی انتخاب به کمک نشانگر و پیشبرد برنامه¬هاي به نژادی در قزل آلای رنگین کمان گردد.
|
|
|
:
|
The field of association mapping studies has recently received major attention for genetic studies of quantitative traits in many important aquatic species. Access to next generation sequencing technologies, high phenotypic data and a variety of sophisticated statistical tools have enabled association mapping studies in aquatic species to be successful in identifying gene loci controlling quantitative traits. Due to the importance of association mapping method in mapping studies of the quantitative traits, the present project was prepared to explain the association mapping method and its use in rainbow trout breeding and also to perform a meta-analysis of these QTL to identify regions of the rainbow trout genome that are consistently associated with growth traits. To identify Meta-QTL (MQTL), a QTL database was developed from 1400 QTL targeted at growth traits. This project also provides some information about statistical software packages used in association mapping and then the opportunities and challenges of association mapping and post-genome wide association studies at the whole genome level discussed. For QTL mapped relative to a single marker, nucleotide sequence of the marker was retrieved from the relevant marker database. For QTL mapped relative to two flanking markers, sequences for both flanking markers were retrieved from the database. The positions of individual QTL were projected onto a consensus genetic map based on the presence of common molecular markers and a 95% confidence interval (CI) was calculated for each QTL. After positioning the individual QTL, the software ‘Biomercator v2.1’ was used to predict the location and CI of MQTL based on maximum likelihood. In total, 854 QTL were reported for 80 growth traits. This included 280 for average daily gain (ADG), 16 for body weight (BW), 9 for Condition factor (CF) and 7 for fork length (FL) trait QTL in rainbow trout genome. In total, 27 QTLs were detected on four linkage groups for the studied traits. That from 2 to 23/8% of the phenotypic variation (LOD) were justified. Most QTLs were detected on 13 linkage groups. In this study, for the body height traits not detected a QTL. Results revealed the existence of co-localized QTLs for studied traits, which enhance the efficiency of marker-assisted selection and developing rainbow trout breeding programs.
|